Çdokush është i lirë t’i drejtohet Gjykatës Evropiane për të Drejtat e Njeriut, për një shkelje të mundshme të të drejtave te tij. Gjykata fillimisht duhet të shqyrtojë nëse kërkesa është e pranueshme apo jo. Kërkesa duhet të plotësojë disa kushte të caktuara të parashtruara në Konventë për t’u konsideruar si e pranueshme. Individi ose OJQ duhet t’i ketë shteruar të gjitha shkallët e brendshme të gjykimit të çështjes në fjalë dhe nëse pretendon përsëri për një shkelje të mundshme të të drejtave të siguruara nga Konventa, brenda 6 muajve mund t’i drejtohet gjykatës me një kërkesë, jo anonime, dhe me kushtin që kjo çështje të mos jetë gjykuar më parë. Një kriter tjetër i domosdoshëm është që çështja të jetë brenda kufirit kohor të ratifikimit të Konventës nga palët.
Çështjet mund të paraqiten direkt nëpërmjet kërkesave individuale apo nga disa shtete që besojnë se u janë cenuar të drejtat e tyre. Kështu, Konventa bën dallimin ndërmjet dy lloje kërkesash: kërkesa individuale, që parashtrohen përpara gjykatës nga një individ, grup individësh, apo organizatë joqeveritare (OJQ) kundër një apo më shumë shtetesh; kërkesa ndërshtetërore që paraqiten nga një shtet kundër një tjetri.
Nëse kërkesa konsiderohet e pranueshme, Gjykata nxit palët (kërkuesin dhe shtetin e përfshirë në çështje) të arrijnë një zgjidhje me pajtim. Për shembull, një shtet mund të bjerë dakord të paguajë kompensim, dhe kërkesa tërhiqet. Nëse nuk arrihet zgjidhje me pajtim. Gjykata në vijim shqyrton themelin e çështjes, pra konsideron nëse ka pasur apo jo shkelje të të drejtave të Konventës.
Duke pasur parasysh grumbullimin aktual të çështjeve, ju duhet të prisni një vit përpara se Gjykata të procedojë me shqyrtimin fillestar të kërkesës suaj. Disa kërkesa mund te trajtohen si urgjente dhe të trajtohen me përparësi, veçanërisht kur kërkuesi deklarohet se është në rrezik të mundshëm për jetën.
Vendimet e Gjykatës janë detyruese: kur konstaton një shkelje, vendi në fjalë është i detyruar të ekzekutojë vendimin, duke marrë masa për të siguruar që një shkelje e tillë e ngjashme të mos ndodhë më e të rregullojë pasojat për viktimën. Gjykata gjithashtu mund të urdhërojë shtetin t’i paguajë kërkuesit një shumë parash si “shpërblim të drejtë”, si kompensim. Të tjera masa specifike mund të nevojiten gjithashtu, si për shembull, lirimi i kërkuesit nëse mbahet nën arrest, rivendosja e kontakteve me fëmijën e kërkuesit, dhënien e lejes së qëndrimit për të, etj. Komiteti i Ministrave i Këshillit të Evropës është përgjegjës për monitorimin e zbatimit të vendimeve të Gjykatës: ndihmon shtetet që të identifikojnë masat e nevojshme e të gjendet zgjidhje kur adoptimi i masave të caktuara ndeshet me probleme. Gjithashtu, ai vlerëson efektivitetin e masave të marra për kërkuesin dhe për këdo tjetër që mund të gjendet në të njëjtën situatë. Gjykata nuk ka fuqi mbi vendimet në nivel kombëtar apo të anulojë ligjet kombëtare, ajo nuk është përgjegjëse për ekzekutimin e vendimeve të saj. Sapo të ketë dhënë vendimin, përgjegjësia kalon te Komiteti i Ministrave i Këshillit të Evropës, i cili ka për detyrë të mbikëqyrë ekzekutimin dhe të sigurojë që çdo kompensim është paguar.