Autoimuniteti është gjendje në të cilën organizmi dështon në procesin e dallimit të të vetës dhe të huajes; në atë rast ai të vetën e merrë për të huaj dhe ndaj saj vepron imunologjikisht.
Duhet dalluar autoimunitetin dhe sëmundjen autoimune: me autoimunitet kuptojmë shenjat e njohjes dhe reagimit imunologjik ndaj antigjeneve të veta (p.sh. prania e autokundërtrupave),kurse sëmundja autoimune paraqet gjendje patologjike të nxitur nga proceset autoimune.
Përveç kësaj, te shumë sëmundje gjejmë elemente dhe gjurmë të autoimunitetit, edhe pse shkaku i tyre, fillimi dhe një pjesë e zhvillimit nuk kanë të bëjnë me dështim të njohjes së të vetës dhe të huajes.